分析目的

基于客戶關注的科學問題或者我們通過文獻調研、公共數(shù)據(jù)調研，確認研究方向，通過這些已發(fā)布的不同小鼠模型和人類組織的單細胞測序數(shù)據(jù)集，挖掘數(shù)據(jù)亮點，分析一整套數(shù)據(jù)，揭示細胞異質性、發(fā)現(xiàn)新的亞型、研究細胞發(fā)育和分化過程、探索細胞類型和功能。

數(shù)據(jù)來源

TCGA，GEO等公共數(shù)據(jù)庫。

分析方法

（1）對該數(shù)據(jù)進行了細胞類群鑒定及注釋，比較了不同分組各細胞類群相對比例變化；（2）基于特別關注的細胞類群，比如巨噬/單核細胞對其劃分細胞亞群，分析樣本中不同亞群的細胞比例及基因變化，獲得了共同發(fā)生顯著差異的基因。（3）接著針對巨噬/單核細胞亞群進行了轉錄因子調控網(wǎng)絡分析，分析三種模型共同變化的轉錄因子。（4）對樣本單細胞數(shù)據(jù)中巨噬/單核細胞進行亞群分析，差異基因與小鼠模型做比較，獲得在樣本中發(fā)生顯著調控的基因。

分析內容

3-5張主圖，4-5張附圖，包括：細胞類群鑒定、細胞亞群細分、亞群間的基因差異表達分析、差異表達基因蛋白互作分析、亞群擬時軌跡分析、細胞通訊分析、免疫浸潤分析、差異基因疾病數(shù)據(jù)庫注釋、預后模型構建。

分析結果示例圖